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Deep Agents CLI 将数据存储在两个目录层次中
  • ~/.deepagents/ — Deep Agents 特有数据（智能体记忆、技能、会话）
  • ~/.agents/ — 与工具无关的数据（在不同 AI CLI 工具间共享的技能）

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目录结构

~/.deepagents/
├── sessions.db              # SQLite database for conversation checkpoints
├── history.jsonl            # Command input history
└── {agent}/                 # Per-agent directory (default: "agent")
    ├── AGENTS.md            # User customizations to agent instructions
    ├── skills/              # User-level skills
    │   └── {skill-name}/
    │       └── SKILL.md
    └── agents/              # Custom subagent definitions
        └── {subagent-name}/
            └── AGENTS.md

~/.agents/                   # Tool-agnostic alias (shared across AI CLIs)
└── skills/                  # Skills available to any compatible tool
    └── {skill-name}/
        └── SKILL.md

{project}/                   # Project-level (in git repo root)
├── AGENTS.md                # Project instructions (root-level)
└── .deepagents/
│   ├── AGENTS.md            # Project instructions (preferred location)
│   ├── skills/              # Project-specific skills
│   │   └── {skill-name}/
│   │       └── SKILL.md
│   └── agents/              # Project-specific subagents
│       └── {subagent-name}/
│           └── AGENTS.md
└── .agents/                 # Tool-agnostic project skills
    └── skills/
        └── {skill-name}/
            └── SKILL.md

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文件用途说明

数据位置读/写备注
会话~/.deepagents/sessions.db读/写SQLite 检查点数据库
输入历史~/.deepagents/history.jsonl读/写JSON-lines 格式，支持上下方向键回顾
基础指令内置 default_agent_prompt.md只读不可修改，随 CLI 升级而更新
用户自定义~/.deepagents/{agent}/AGENTS.md读/写追加到基础指令之后
项目指令.deepagents/AGENTS.md 或 AGENTS.md只读若存在则全部加载
用户技能~/.deepagents/{agent}/skills/读/写智能体特有技能
共享技能~/.agents/skills/只读与工具无关，跨 CLI 通用
项目技能.deepagents/skills/ 或 .agents/skills/只读项目作用域
自定义子代理~/.deepagents/{agent}/agents/读/写用户定义的子智能体
项目子智能体.deepagents/agents/只读项目定义的子智能体

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优先级规则

当同一项目存在于多个位置时，优先级高的完全胜出（不进行合并）。

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技能

优先级顺序（从低到高）
  1. ~/.deepagents/{agent}/skills/ — 用户 Deep Agents 技能
  2. ~/.agents/skills/ — 用户通用工具技能
  3. .deepagents/skills/ — 项目 Deep Agents 技能
  4. .agents/skills/ — 项目通用工具技能 (最高)
当加载技能时，CLI 会验证解析后的文件路径是否处于这些目录内。解析到所有技能根目录之外的符号链接将被拒绝。若要允许其他目录中的符号链接目标，请参阅 [skills].extra_allowed_dirs。

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子代理

优先级顺序（从低到高）
  1. ~/.deepagents/{agent}/agents/ — 用户级
  2. .deepagents/agents/ — 项目级 (最高)
每个子智能体都是一个包含 YAML frontmatter（name, description, 可选的 model）和用于系统提示词的 Markdown 正文的 AGENTS.md 文件。完整的格式参考请参阅 自定义子智能体。

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指令

所有指令源将被合并（而非覆盖）
  1. 包内置基础提示词 (始终加载)
  2. ~/.deepagents/{agent}/AGENTS.md (追加)
  3. .deepagents/AGENTS.md (追加)
  4. 项目根目录下的 AGENTS.md (追加)

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.deepagents 与 .agents 的区别

目录目的使用场景
.deepagents/Deep Agents CLI 专用使用 CLI 特有功能的技能和配置
.agents/与工具无关你希望在不同 AI CLI 工具之间共享的技能
对于适用于任何 AI 编码助手的技能，请使用 .agents/skills/。对于依赖于 Deep Agents 特有工具或约定的技能，请使用 .deepagents/skills/。

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清理数据

需求操作
重置所有数据rm -rf ~/.deepagents
仅清除会话rm ~/.deepagents/sessions.db
清除输入历史rm ~/.deepagents/history.jsonl
重置智能体指令deepagents agents reset --agent {name}
移除某项技能rm -rf ~/.deepagents/{agent}/skills/{skill-name}
删除 ~/.deepagents/sessions.db 将移除所有对话历史和检查点。此操作无法撤销。
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